第1集：在遥远的未来。人类在荒废的大地上，建设移动要塞都市“种植园”并讴歌着文明。寄驶员们的入队仪式将于第二天在那种植园之一的“塞拉斯斯”中举行。寄驶员之一的编号016“广”，在之前的考试中被告知不合格，并处于失意当中。连入队仪式的说明会都不出席，而去了森林的广，在深处的泉水旁，目击到一个未曾见过的少女在游泳。从自称编号002“零二”的这位少女的脸上，可以看到长着艳丽的两个角。

第2集：对广十分满意的零二，留在了13都市。但是广，与零二乘上鹤望兰号时的记忆几乎都不记得了。想要与零二再次乘坐来证明。他一边抱着这样的想法，一边独自埋头于训练。另一方面，莓告诉零二，希望她再也不要找广。此时，广的实机启动测试即将开始。被通知会根据测试结果来判定能否被选为真正的操纵者后，广抱起了希望。在那场测试中自愿报名成为广的搭档的人是……

第3集：在启动测试失败之后，广和莓变得很尴尬。广想要能够再次与零二一起驾驶，并打算与七和八交涉。对于那样的广，五郎说出了某个传言。“与零二一起驾驶的搭档，没有一个超过三次以上”。虽然知道此事，但广却回答没有其他的办法。此时，13部队决定进行第一次实战。但是APE本部却禁止鹤望兰号出击。“这样好吗？那些孩子都会被干掉哦？”广一边听着零二的话语，一边以急不可待的心情注视着，这时13部队与叫龙遭遇……

第4集：满和零二合作完后失常了，他指零二想把自己的全部都吸干，让广有点惊慌；这时零二被命令回前线，在零二正要离开之际，广向零二表白，自己想要和她一起驾驶FRANXX，于是两人一起出击，准备打败叫龙！

第5集：第13都市和第26都市进行KISSING，两边派出队伍包括零二、广、莓、五郎、心、太等人进行合作，制订作战计划以对付大举入侵的叫龙。莓心中对广的爱之幼芽开始萌发，同时广不顾身体出现的异常，坚决继续当零二的拍档，追寻存在于世的价值。

第6集： 26部队及13部队联手出击，莓是这次行动的队长。但是他们遇上了Gutenberg（古登堡）级的对手，莓引领13部队，为鹤望兰号创造机会。广用一招击中对手却未击中核心，鹤望兰号被击飞后广晕了过去，并遭受致命攻击……

第7集：零二和广正式成为拍档，连同鹤望兰号正式列入第13部队管辖。有关零二的遥言得以澄清，第13部队的孩子们开始接受零二。第13部队因为之前的战斗而获得休假，全队到达海边游玩。就在海岸旁边，孩子们发现了一个废墟……

第8集：在战斗中，奇怪液体晒到女生们的驾驶服上，驾驶服渐渐消失，男生们的“下流眼神”让女生们感到不高兴，她们决定要中止和男生的共同生活……

第9集：每年，孩子们都有一次机会向爸爸们提出自己想要的东西，然后礼物就会随之送上。五郎看着DARLING在零二面前的笑容，五郎终于弄清自己对莓的情感。

第10集：上头对零二等人至今为止的战绩评价很高，打算授予勋章给他们作奖赏。纯位数一直的努力终于得到了回报，勋章正正代表他们能进都市内部，而他们更是第一批被招待的孩子们。

第11集：他们又要开始准备作战，可是太不满意满让心来当诱饵而让她暴露在危险之中，而打了他。满之后答应了太会以后会保护心……

第12集：他们成长的地方通称花园，这里生活着上百的孩子们，是个驾驶员培育设施，还有像是俯视着这座花园一样建立在高处的研究所，我们将其称作实验室……

第13集：零二和广的深层意识融合了，广看到了零二的世界。小时候的零二活在一个居室，而广活在只有孩子们生活的隔绝世界，花园。广一直有多问题，可是大人们从来没给予答案，在游走着的广，透过窗户看到了被困的零二。一次，广决定要打破窗户救走零二，零二把自己的绘本让给广看……

第14集：广与002一次作战因过度连接超出了身体负荷，体内黄血球指数超标，随时会龙化，意识开始混浊，莓对002十分愤怒，对于广能够确来，会否与002继续搭档……

第15集：本次作战的目的只有一个，那就是镇压大裂口地区。目前第4批联合中队正在进行攻击，但遇上叫龙们的反击，战局窘迫，第6批联合中队准备出击……

第16集：大裂口的战争导致都市被毁灭，广他们生活在米斯特汀接近一个月，在下一个指令下达前待机，02亦渐渐融入了人类团队生活中，他们照顾自己的起居饮食，但心中会担忧是否被爸爸抛弃……

第17集：任何存在都会迎来终结，在米斯特汀生活的广他们，一天零二的队友们来到，告知他们仍是得到爸爸的重视，零二十分珍视与广的回忆，以前甚至想成为人类在这隔绝外界地方生活一段时间，心思考着孕育下一代的问题……

第18集：任何存在都会迎来终结，在米斯特汀生活的广他们，一天零二的队友们来到，告知他们仍是得到爸爸的重视，零二十分珍视与广的回忆，以前甚至想成为人类在这隔绝外界地方生活一段时间，心思考着孕育下一代的问题。

第19集：郁乃不管FRANXX必须靠男女搭档才能启动，决定鼓起勇气向莓表白。郁乃以为莓会因此讨厌她，但莓的反应却出乎意料。心和满举办结婚典礼，但在婚礼中途，竟然有人前在阻挠。

第20集：在上次战斗中，FRANXX小队镇压了大裂口，成功夺取了地下的巨大兵器“恒星实体”。他们将启动此兵器，目标是打倒所有敌人，但要有心里准备需付出巨大的牺牲。

第21集：恒星实体自爆化得到了暂停，VIRM在背后的阴谋令这个星球随时牺牲，与叫龙公主有所接触后，知道了零二是她的克隆体，零二的存在价值，广被叫龙公主控制，零二如何解救……

第22集：离开都市之后，粮食已经不足够让大家能够生存，大家每天都在努力工作，想尽办法生存，可是叫龙却突然出现，加上心怀孕了，莓又因过劳晕到了，零二因心在鹤望兰号里而精神仿佛，广在此时决定要出发去宇宙，找回零二。

第23集：孩子们上了宇宙中战斗，直冲APAS所在之处，希望把一切种族隔阂消除而战斗。广打算和零二一起通过传送门，前往太阳系之外，不再回地球了……

第24集：通过传送门后783天，他们已经到敌人的母星附近了。可是明明就在身边，零二却听不到DARLING的声音。原来敌人触碰了他的意识表面，他的肉体终有极限，归根结底是个脆弱的人类，即便维持着表面上的联系，他和零二叫龙的结晶体终究无法相称……